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      手把手教你做出RT-qPCR最美曲線系列:如何正確選擇逆轉(zhuǎn)錄引物?

      更新時(shí)間:2023-08-24      點(diǎn)擊次數(shù):389


      1. Oligo(dT)


      Oligo(dT)是多聚胸腺嘧啶、T重復(fù)寡核苷酸,就是只有胸腺嘧啶組成的核苷酸鏈。因?yàn)镺ligo(dT)與mRNA的Poly(A)尾巴可以發(fā)生特異性結(jié)合,所以用Oligo(dT)特異結(jié)合到mRNA上Poly(A)尾端,因此,主要用于逆轉(zhuǎn)帶有Poly(A)尾的mRNA。例如模板為真核生物來源,Oligo(dT)可與mRNA的3’Poly(A)尾配對(duì),有利于長(zhǎng)鏈或全長(zhǎng)mRNA的逆轉(zhuǎn)錄。但是,其對(duì)RNA樣品的質(zhì)量要求較高,不允許其降解,否則全長(zhǎng)cDNA合成量會(huì)大量減少。

      2. 隨機(jī)引物

      隨機(jī)引物是指當(dāng)特定mRNA由于含有使逆轉(zhuǎn)錄酶終止的序列而難于拷貝其全長(zhǎng)序列時(shí),可采用隨機(jī)六聚體這一不特異的引物來拷貝全長(zhǎng)mRNA,一般6到8個(gè)堿基,許多隨機(jī)引物組成一套引物組。它可用于mRNA、rRNA、tRNA等各種RNA的逆轉(zhuǎn)錄,對(duì)于目標(biāo)區(qū)域具有復(fù)雜二級(jí)結(jié)構(gòu)/GC含量較高,或者來源為原核生物的模板也同樣適應(yīng)。

      3. 基因特異性引物

      基因特異性引物(GSP)是某個(gè)基因序列的一部分,與模板互補(bǔ)的引物。該引物需要結(jié)合目標(biāo)RNA的已知序列進(jìn)行設(shè)計(jì)的。由于引物和RNA序列特異性結(jié)合,每個(gè)目標(biāo)RNA都需要一套新的基因特異性引物。因此,當(dāng)分析多種目標(biāo)時(shí),則需要適用更多的RNA樣本。通常特異性引物用于一步RT-qPCR實(shí)驗(yàn)中。


       


      PART 02

      逆轉(zhuǎn)錄引物優(yōu)劣勢(shì)比較


       

      引物類型

      結(jié)合部位

      優(yōu)點(diǎn)

      缺點(diǎn)

      Oligo(dT)

      真核生物mRNA3’端poly(A)尾

      可合成全長(zhǎng)cDNA

      1、僅擴(kuò)增有polyA尾的mRNA

      2、對(duì)模板質(zhì)量要求高

      隨機(jī)引物

      RNA的許多隨機(jī)可結(jié)合部位

      適合復(fù)雜結(jié)構(gòu)和微量模板

      特異性低,小片段多

      基因特異性引物

      特異性互補(bǔ)序列

      特異性強(qiáng),靈敏度高

      僅合成特定的序列




      PART 03

      逆轉(zhuǎn)錄引物的選擇

      RNA類型:

      1、真核生物mRNA

      2、miRNA、核糖體RNA和tRNA等小RNA前體加A尾處理后的模板

      引物選擇:

      Oligo(dT)

      原因:

      1、真核生物mRNA含有poly(A)尾,可以O(shè)ligo(dT)引物結(jié)合

      2、miRNA、rRNA和tRNA本身無A尾,故需要人工處理后才能與Oligo(dT)引物結(jié)合

       

      RNA類型:

      1、rRNA、tRNA、原核生物mRNA等無3’端poly(A)尾的模板

      2、長(zhǎng)度比較長(zhǎng)、有二級(jí)結(jié)構(gòu)存在及微量樣本的模板

      引物選擇:

      隨機(jī)引物

      原因:

      隨機(jī)引物可以在任意位點(diǎn)和RNA結(jié)合并開始反轉(zhuǎn)

       

      RNA類型:

      1、已知基因序列的模板

      2、miRNA增加莖環(huán)結(jié)構(gòu)的模板

      引物選擇:

      基因特異性引物

      原因:

      1、針對(duì)特定序列設(shè)計(jì)的反轉(zhuǎn)錄引物

      2、miRNA(莖環(huán)法)的反轉(zhuǎn)錄,需要根據(jù)基因序列設(shè)計(jì)對(duì)應(yīng)的引物

       

      :為提高反轉(zhuǎn)錄效率,并保障獲得更加完整的cDNA,建議將Oligo(dT)和隨機(jī)引物混合使用。

       

      PART 04

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      RNA類型

      引物選擇

      原因

      1、真核生物mRNA

      2、miRNA、核糖體RNA和tRNA等小RNA前體加A尾處理后的模板

      Oligo(dT)

      1、真核生物mRNA含有poly(A)尾,可以O(shè)ligo(dT)引物結(jié)合

      2、miRNA、rRNA和tRNA本身無A尾,故需要人工處理后才能與Oligo(dT)引物結(jié)合

      1、rRNA、tRNA、原核生物mRNA等無3’端poly(A)尾的模板

      2、長(zhǎng)度比較長(zhǎng)、有二級(jí)結(jié)構(gòu)存在及微量樣本的模板

      隨機(jī)引物

      隨機(jī)引物可以在任意位點(diǎn)和RNA結(jié)合并開始反轉(zhuǎn)。

      1、已知基因序列的模板

      2、miRNA增加莖環(huán)結(jié)構(gòu)的模板

      基因特異性引物

      1、針對(duì)特定序列設(shè)計(jì)的反轉(zhuǎn)錄引物

      2、miRNA(莖環(huán)法)的反轉(zhuǎn)錄,需要根據(jù)基因序列設(shè)計(jì)對(duì)應(yīng)的引物






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